Babak menyelamatkan Gaara

Zetsu membuat kemunculan dalam Bahagian II ketika Akatsuki sedang mengekstrak Shukaku berekor satu untuk memberikan amaran kepada Pain bahawa pasukan penyelamat telah mula bergerak untuk menyelamatkan Gaara yang telah mereka tangkap. Selepas Yura dan Mukade daripada Sunagakure tewas, Zetsu telah bergerak ke tempat mayat mereka berada untuk menguruskannya bagi mengelakkan sebarang rahsia mengenai Akatsuki terdedah kepada orang luar. Selepas kekalahan Sasori, Zetsu dan Tobi telah pergi ke pangkalan rahsia lama Akatsuki untuk mendapatkan cincin milik Sasori dan Deidara. Itu merupakan saat di mana Zetsu pertama kali melihat rupa sebenar Sasori. Ketika cuba untuk mendapatkan mayat Deidara, mereka mendapati bahawa Deidara masih hidup, manakala Tobi telah menjumpai cincin milik Sasori and percaya bahawa dengan memiliki cincin tersebut membolehkan dia (Tobi) menjadi ahli Akatsuki secara automatik. Namun begitu, Zetsu mengeluarkan kenyataan bahawa - tidak semudah itu untuk emnjadi ahli Akatsuki (kelihatan seperti Zetsu cuba untuk melindungi identiti sebenar Tobi di hadapan Deidara dengan mengeluarkan kenyataan tersebut).

Babak Hidan dan Kakuzu

Penglibatan Zetsu di dalam babak ini hanya ketika dia cuba untuk mendapatkan tubuh Jinchuriki bernama Yugito Nii yang telah berjaya ditewaskan dan ditangkap oleh Hidan dan Kakuzu. yang amna mayat tersebut telah dibawa ke tempat persembunyian Akatsuki yang baru; ini juga membolehkan mereka untuk mencari jejak sasaran pasukan yang lain terutamanya naruto Uzumaki. Bagaimana pun, Zetsu telah dilihat muncul dalam ke semua perjumpaan Akatsuki ketika babak ini berlangsung.

Babak pemburuan Uchiha

Ketika Deidara telah ditewaskan, Zetsu telah memberitahu bahawa semua anggota Akatsuki bahawa Deidara dan Tobi telah mati bersama dengan Sasuke Uchiha (namun begitu hanya Deidara seorang sahaja yang terbunuh). Zetsu juga turut didapati memerhatikan pertarungan di antara Jiraiya dan Pain. Selepas menyaksikan pertarungan tersebut, kedua-dua personaliti di dalam tubuhnya bertikam lidah mengenai turutan perlawanan yang harus mereka saksikan kemudiannya. Mereka bertikam lidah tentang perkara sama ada mereka harus menyaksikan dahulu pertarungan di antara Pain dan Naruto Uzumaki atau pertarungan di antara Sasuke Uchiha dan Itachi Uchiha; yang mana kemudiannya mereka memilih untuk menyaksikan pertarungan di antara kedua-dua beradik Uchiha tersebut.

Ketika mereka (dua personaliti Zetsu) sedang menyaksikan pertarungan tersebut, sebelah bahagian berwarna cerah Zetsu menyatakan kemusykilannya tentang bagaiaman caranya Sasuke boleh mengalahkan Itachi dengan hanya menggunakan Sharingan biasa, manakala sebelah bahagian berwarna gelap pula menyatakan bahawa Sharingan hanyalah sekadar senjata di mana kebolehan sesuatu senjata ditentukan oleh penggunanya. Setelah Itachi mati dan Sasuke rebah akibat kelesuan, Zetsu meninggalkan tapak pertarungan dan memberikan laporan kepada Tobi. Setelah pertarungan ringkas dengan Pasukan Berlapan yang mempunyai Naruto Uzumaki, Sakura, Kakashi, Sai, Yamato, Kiba, Shino dan Hinata di dalamnya, kedua-dua mereka pulang ke tapak pertarungan Sasuke dan Itachi. Zetsu bertanggapan untuk bertarung dengan Naruto kerana memanggilnya sebagai "Aloe Vera". Mereka membawa kedua-dua Sasuke dan mayat Itachi sebelum Pasukan Berlapan tiba. Zetsu kemudiannya dilihat berada di pangkalan Akatsuki yang tidak diketahui.

Babak Sasuke dan Makhluk Berekor Lapan

Zetsu dilihat bersama dengan Madara dan Kisame mengurung berekor lapan (yang mana telah berjaya ditangkap oleh Sasuke) di salah satu pengkalan rahsia Akatsuki. Namun begitu, peminat dikejutkan dengan satu fakta bahawa, berekor lapan yang sedang dikurung bertukar menjadi kepulan asap lalu bertukar rupa kepada bentuk tentakel berekor lapan. Madara kelihatan hanya berdiam sahaja, manakala Zetsu (bahagian berwarna cerah) dilihat sedang ketawa manakala Zetsu (bahagian berwarna gelap) memarahi personaliti Zetsu yang satu lagi. Kisame telah menyatakan bahawa Sasuke telah dipermainkan oleh Jinchuuriki berekor lapan.